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SERVICES

Bioinformatique -2

Maitrise du Logiciel Vector NTI®:

Gestion et analyses de molécules biologiques (ADN ou protéines)

Objectif : Cette formation a pour objectif de répondre aux besoins en bioinformatique et en particulier dans l’analyse et la gestion d’information de molécules biologiques de type ADN ou protéines grâce à l’utilisation du logiciel Vector NTI®.

L’objectif principal est d’approfondir les différents aspects d’analyse et de gestion de données proposés par le logiciel Vector NTI. Le stage permettra aux participants possédant des connaissances de bases du logiciel, d’acquérir une maitrise des principales fonctions du logiciel, tels que, gérer des bases d’oligonucléotides, de générer des cartes de restrictions, effectuer des alignements multiples d’ADN ou de protéines, ou gérer des projets de séquençage à partir des traces de sortie de séquenceur.

Public : Scientifiques et Biologistes Chercheurs/ Ingénieurs/ Techniciens

Compétences souhaitées : Utilisateurs du logiciel Vector NTI® possédant des connaissances des fonctionnalités de base du logiciel.

Programme : 

 Day 1Module I 

Getting Started

• Terminology

• Starting Vector NTI®

General Molecule Display Changes

• The Graphics Pane  • The Sequence Pane  • Finding DNA Motifs  • Open Reading Frame Searches & Translations  • Simple Protein Motif Searches  • Back Translation

Data Management

• Importing Molecules from your Desktop  • New Primer Sequences  • Importing Multiple Oligos in Batch  • Direct Import from NCBI  • PubMed/Entrez Import  • Exporting a Molecule• Batch Export  • Exporting Part of a Sequence  • Copying Part of a Sequence  • Shared Databases

 Module II

Working with Restriction Enzymes

• Adding New Restriction Enzymes to the Database  • Import of NEB Enzymes Database (REBASE)  • Creating and Organising Subsets  • Restriction Map Setup  • Restriction Analyses  • Running Virtual DNA Gels  • Mutagenesis and RFLP Analysis

Cloning

• Restriction Enzyme Cloning • Molecule History and Reports  • Dealing With Incompatible Fragment Ends • The Cloning Design Wizard  • The Gateway® Cloning Wizard  • Converting Your Own Vectors into Destination Vectors  • The TOPO® Cloning Wizard

   Day 2

Module III 

Primer Design              

• Sequencing and Hybridisation Primers   ·         Designing PCR Primers   ·         Oligo Analysis  ·         Amplification using Existing Primers   ·         Batch PCR Primer Design    ·         ‘Long’ PCR  ·         Multiplex PCR

 

Homology Searches

•  BLAST (Basic Local Alignment Search Tool) • Export of BLAST Results  • Other Types of Homology Search

 

 

 

Analysing Genomic Sequences

 

• Preparation  • Opening Genomic Sequences • Analysing Genomic Sequences • Exporting Sequences 

 

Module IV 

 

Multiple Sequence Alignment

• Changing Alignment Parameters • Initiating an Alignment  • Alignment Editing  • Identifying Regions of Interest  • Pairwise Analyses  • Export from AlignX® • Alignment PCR

Assembling Contigs

• Importing Data  • ‘Cleaning Up’ Data  • Viewing and Editing Individual Fragments  • Contig Assembly  • Modifying the Assembly  • Exporting Fragments and Contigs

Durée : 2 jours

Dates et lieu :
08 et 09 Juin, 17 et 18 Novembre 2010

Paris / Marseille / Lyon

Coût : 1500 €uros*(*prix indicatif pour les formations organisées en France. Les prix des formations organisées à l'étranger sont disponibles sur simple demande)

Renseignements et inscriptions: contact@ibioexperts.com ou par le lien: nous contacter

Formation 2009/0008FIS " Maitrise du logiciel Vector NTI ®" à télécharger:



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Des offres de services spécifiques et complémentaires

Prestations expérimentales et technologiques , tests spécifiques en Biologie, Physique, Chimie et autres domaines scientifiques

Réalisation de tests innovants en Recherche & dèveloppement , recherche clinique

 

 

Analyses cliniques, et suivi de protocoles thérapeutiques

Formations théoriques ou technologiques

 
Introduction REACH: Gestion des  risques liés aux substances chimiques
 

Renseignez vous. 

Analyse de molécules biologiques (ADN et protéines) et gestion de données à l'aide du  logiciel Vector NTI ®  

 Utilisation du logiciel Bioperl  

 

 La STANDARDISATION en cytomtérie en flux (CMF):  Bonnes pratiques et mise en place de contrôle qualité. Procédure inter et intra laboratoire. Durée: 2 jours

 
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